Trung tâm Nội trú sinh viên (nay là Trung tâm Hỗ trợ sinh viên) được thành lập theo quyết định số 438/QĐ - TCCB ngày 21/10/1995 của Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội trên cơ sở sát nhập 3 KTX của 3 trường Đại học (KTX Mễ Trì thuộc Trường Đại học Tổng hợp (cũ); KTX Sư phạm thuộc Trường Đại học Sư phạm Hà Nội; KTX Ngoại Ngữ thuộc trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội) và Trạm y tế thuộc trường Đại học Tổng hợp (cũ).
Tháng 12/1999 KTX Sư phạm tách ra khỏi Trung tâm vì Trường Đại học Sư phạm Hà Nội tách ra khỏi Đại học Quốc gia Hà Nội và tháng 5 năm 2012, trạm Y tế chuyển về Bệnh viên Đại học Quốc gia Hà Nội.
Ngày 7/1/2009 Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội ra quyết định số 52/QĐ - TCCB về việc bổ sung chức năng nhiệm vụ và đổi tên Trung tâm Nội trú sinh viên thành Trung tâm Hỗ trợ sinh viên.
Tháng 12/2014 ĐHQGHN ký hợp đồng với Sở Xây dựng Hà Nội nhận bàn giao 2 đơn nguyên tại khu đô thị Mỹ Đình II và ra quyết định số 355/QĐ-ĐHQGHN ngày 23/01/2015 của Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội về việc thành lập KTX Mỹ Đình thuộc Trung tâm Hỗ trợ sinh viên.
Đến nay, Trung tâm Hỗ trợ sinh viên có cơ cấu tổ chức gồm: Phòng Hành chính - Tổ chức; phòng Kế hoạch - Tài chính; KTX Ngoại ngữ; KTX Mễ Trì; KTX Mỹ Đình.
